1607年、加藤清正が当時の最先端の技術と労力を投じて築城しました。西南戦争で主要な建物は焼失してしまいましたが、昭和中期に大小天守閣と一部の櫓が復元され、2008年には昭君之間を含む本丸御殿が復元されました。2016年の熊本地震では、櫓が全壊し石垣が倒壊するなどの被害を受け、2019年の一般公開に向け、復旧作業が進められています。